Le Parc naturel régional est géré par un Syndicat Mixte qui regroupe la Région Normandie, les Départements de la Seine-Maritime et de l’Eure, les Communes membres de la Seine-Maritime et de l’Eure, la Métropole Rouen Normandie, la Communauté urbaine Le Havre Seine Métropole, Caux Seine Agglo, la Communauté de Communes Yvetot Normandie, la Communauté de Communes Roumois-Seine, la Communauté de Communes Pont-Audemer Val de Risle et la Communauté de communes Pays de Honfleur – Beuzeville.
Le Syndicat Mixte de réalisation et de gestion du Parc naturel régional des Boucles de la Seine Normande a pour objet la mise en œuvre du projet de développement durable du territoire défini par la charte du Parc et la mise en cohérence des actions menées, dans ce cadre, par ses partenaires. Pour cela, il procède comme maître d’ouvrage ou fait procéder, dans le respect des compétences de ses membres et partenaires à toutes études, actions ou travaux utiles à la gestion du Parc et à l’application de la Charte qu’il s’engage à respecter et faire respecter.